Secreted and transmembrane polypeptides and nucleic acids encoding the same

• US 20030036143A1
• Filed: 07/02/2002
• Published: 02/20/2003
• Est. Priority Date: 09/18/1997
• Status: Abandoned Application

• Current Assignee: Genentech, Inc. (Roche Holding AG)
• Original Assignee: Genentech, Inc. (Roche Holding AG)
• Inventors: Gurney, Austin L., Goddard, Audrey, Chen, Jian, Smith, Victoria, Pan, James, Wood, William I., Baker, Kevin P., Zhang, Zemin, Desnoyers, Luc, Godowski, Paul J., Watanabe, Colin K.
• Application Number:
  US10/187,600
• Publication Number:
  US 20030036143A1
• Time in Patent Office: Days
• US Class Current: 435/69.1
• CPC Class Codes: A01K 2217/075 inducing loss of function, i.e. knock out
• CPC Class Codes: A01K 2227/105 Murine
• CPC Class Codes: A61K 38/00 Medicinal preparations containing peptides peptides containing beta-lactam rings A61K31/00; cyclic dipeptides not having in their molecule any other peptide link than those which form their ring, e.g. piperazine-2,5-diones, A61K31/00; ergot alkaloids of the cyclic peptide type A61K31/48; containing macromolecular compounds having statistically distributed amino acid units A61K31/74; medicinal preparations containing antigens or antibodies A61K39/00; medicinal preparations characterised by the non-active ingredients, e.g. peptides as drug carriers, A61K47/00
• CPC Class Codes: A61K 39/00 Medicinal preparations containing antigens or antibodies materials for immunoassay G01N33/53
• CPC Class Codes: C07H 21/04 with deoxyribosyl as saccharide radical
• CPC Class Codes: C07K 1/00 General methods for the preparation of peptides , i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
• CPC Class Codes: C07K 14/00 Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
• CPC Class Codes: C07K 14/435 from animals; from humans
• CPC Class Codes: C07K 14/47 from mammals
• CPC Class Codes: C07K 14/4748 Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
• CPC Class Codes: C07K 14/705 Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants tumour specific antigens C07K14/4748
• CPC Class Codes: C07K 14/82 Translation products from oncogenes
• CPC Class Codes: C07K 16/00 Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies antibodies with enzymatic activity, e.g. abzymes C12N9/0002
• CPC Class Codes: C07K 16/18 against material from animals or humans
• CPC Class Codes: C07K 16/28 against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
• CPC Class Codes: C07K 17/00 Carrier-bound or immobilised peptides carrier-bound or immobilised enzymes C12N11/00; Preparation thereof
• CPC Class Codes: C07K 19/00 Hybrid peptides , i.e. peptides covalently bound to nucleic acids, or non-covalently bound protein-protein complexes
• CPC Class Codes: C07K 2319/30 Non-immunoglobulin-derived peptide or protein having an immunoglobulin constant or Fc region, or a fragment thereof, attached thereto
• CPC Class Codes: C12N 15/00 Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor mutants or genetically engineered microorganisms, per se C12N1/00, C12N5/00, C12N7/00; new plants per se A01H; plant reproduction by tissue culture techniques A01H4/00; new animals per se A01K67/00; use of medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases, gene therapy A61K48/00
• CPC Class Codes: C12N 15/70 Vectors or expression systems specially adapted for E. coli
• CPC Class Codes: C12N 15/74 : Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
• CPC Class Codes: C12N 15/87 : Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
• CPC Class Codes: C12N 2799/026 : where the vector is derived from a baculovirus
• CPC Class Codes: C12N 5/06 : Animal cells or tissues; Human cells or tissues preservation of living cells or tissues A01N1/02
• CPC Class Codes: C12N 9/00 : Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof preparations containing enzymes for cleaning teeth A61K8/66, A61Q11/00; medicinal preparations containing enzymes or proenzymes A61K38/43; enzyme containing detergent compositions C11D; enzymes with nucleic acid structure, e.g. ribozymes, C12N15/113; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes preparation of malt C12C1/00
• CPC Class Codes: C12N 9/90 : Isomerases (5.)
• CPC Class Codes: C12P 21/02 : having a known sequence of two or more amino acids, e.g. glutathione
• CPC Class Codes: C12Q 1/6816 : characterised by the detection means C12Q1/6804 takes precedence
• CPC Class Codes: C12Q 1/6883 : for diseases caused by alterations of genetic material
• CPC Class Codes: C12Q 1/6886 : for cancer immunoassay for cancer G01N33/574
• CPC Class Codes: C12Q 2527/137 : Concentration of a component of medium
• CPC Class Codes: C12Q 2563/131 : the label being a member of a cognate binding pair, i.e. extends to antibodies, haptens, avidin
• CPC Class Codes: C12Q 2600/136 : Screening for pharmacological compounds
• CPC Class Codes: C12Q 2600/158 : Expression markers
• CPC Class Codes: G01N 2500/00 : Screening for compounds of potential therapeutic value
• CPC Class Codes: G01N 2500/10 : involving cells
• CPC Class Codes: G01N 33/5082 : Supracellular entities, e.g. tissue, organisms
• CPC Class Codes: G01N 33/5308 : for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
• CPC Class Codes: G01N 33/567 : utilising isolate of tissue or organ as binding agent
• CPC Class Codes: G01N 33/574 : for cancer
• CPC Class Codes: G01N 33/57411 : of cervix
• CPC Class Codes: G01N 33/57415 : of breast
• CPC Class Codes: G01N 33/57419 : of colon
• CPC Class Codes: G01N 33/57423 : of lung
• CPC Class Codes: G01N 33/57434 : of prostate
• CPC Class Codes: G01N 33/57484 : involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
• CPC Class Codes: G01N 33/57488 : involving compounds identifable in body fluids
• CPC Class Codes: G01N 33/57492 : involving compounds localized on the membrane of tumor or cancer cells
• CPC Class Codes: Y02P 20/52 : using catalysts, e.g. selective catalysts

Abstract

The present invention is directed to novel polypeptides and to nucleic acid molecules encoding those polypeptides. Also provided herein are vectors and host cells comprising those nucleic acid sequences, chimeric polypeptide molecules comprising the polypeptides of the present invention fused to heterologous polypeptide sequences, antibodies which bind to the polypeptides of the present invention and to methods for producing the polypeptides of the present invention.

Claims

1. Isolated nucleic acid having at least 80% nucleic acid sequence identity to a nucleotide sequence that encodes an amino acid sequence selected from the group consisting of the amino acid sequence shown in FIG. 2 (SEQ ID NO:

2), FIG. 4 (SEQ ID NO;

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606), FIG. 608 (SEQ ID NO;

608), and FIG. 610 (SEQ ID NO;

610).

5. A vector comprising the nucleic acid of claim 1.

6. A host cell comprising the vector of claim 5.

7. The host cell of claim 6, wherein said cell is a CHO cell.

8. The host cell of claim 6, wherein said cell is an E. coli.

9. The host cell of claim 6, wherein said cell is a yeast cell.

10. A process for producing a PRO polypeptide comprising culturing the host cell of claim 6 under conditions suitable for expression of said PRO polypeptide and recovering said PRO polypeptide from the cell culture.

2. Isolated nucleic acid having at least 80% nucleic acid sequence identity to a nucleotide sequence selected from the group consisting of the nucleotide sequence shown in FIG. 1 (SEQ ID NO:

1), FIG. 3 (SEQ ID NO;

3), FIG. 5 (SEQ ID NO;

5), FIG. 7 (SEQ ID NO;

7), FIG. 9 (SEQ ID NO;

9), FIG. 11 (SEQ ID NO;

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607), and FIG. 609 (SEQ ID NO;

609).

3. Isolated nucleic acid having at least 80% nucleic acid sequence identity to a nucleotide sequence selected from the group consisting of the full-length coding sequence of the nucleotide sequence shown in FIG. 1 (SEQ ID NO:

1), FIG. 3 (SEQ ID NO;

3), FIG. 5 (SEQ ID NO;

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607), and FIG. 609 (SEQ ID NO;

609).

4. Isolated nucleic acid having at least 80% nucleic acid sequence identity to the full-length coding sequence of the DNA deposited under any ATCC accession number shown in Table 7.

11. An isolated polypeptide having at least 80% amino acid sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of the amino acid sequence shown in FIG. 2 (SEQ ID NO:

2), FIG. 4 (SEQ ID NO;

4), FIG. 6 (SEQ ID NO;

6), FIG. 8 (SEQ ID NO;

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608), and FIG. 610 (SEQ ID NO;

610).

13. A chimeric molecule comprising a polypeptide according to claim 11 fused to a heterologous amino acid sequence.

14. The chimeric molecule of claim 13, wherein said heterologous amino acid sequence is an epitope tag sequence.

15. The chimeric molecule of claim 13, wherein said heterologous amino acid sequence is a Fc region of an immunoglobulin.

16. An antibody which specifically binds to a polypeptide according to claim 11.

17. The antibody of claim 16, wherein said antibody is a monoclonal antibody, a humanized antibody or a single-chain antibody.

12. An isolated polypeptide having at least 80% amino acid sequence identity to an amino acid sequence encoded by the full-length coding sequence of the DNA deposited under any ATCC accession number shown in Table 7.

18. Isolated nucleic acid having at least 80% nucleic acid sequence identity to:

(a) a nucleotide sequence encoding the polypeptide shown in FIG. 2 (SEQ ID NO;

2), FIG. 4 (SEQ ID NO;

4), FIG. 6 (SEQ ID NO;

6), FIG. 8 (SEQ ID NO;

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606), FIG. 608 (SEQ ID NO;

608), or FIG. 610 (SEQ ID NO;

610), lacking its associated signal peptide;

(b) a nucleotide sequence encoding an extracellular domain of the polypeptide shown in FIG. 2 (SEQ ID NO;

2), FIG. 4 (SEQ ID NO;

4), FIG. 6 (SEQ ID NO;

6), FIG. 8 (SEQ ID NO;

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600), FIG. 602 (SEQ ID NO;

602), FIG. 604 (SEQ ID NO;

604), FIG. 606 (SEQ ID NO;

606), FIG. 608 (SEQ ID NO;

608), or FIG. 610 (SEQ ID NO;

610), with its associated signal peptide;

or

(c) a nucleotide sequence encoding an extracellular domain of the polypeptide shown in FIG. 2 (SEQ ID NO;

2), FIG. 4 (SEQ ID NO;

4), FIG. 6 (SEQ ID NO;

6), FIG. 8 (SEQ ID NO;

8), FIG. 10 (SEQ ID NO;

10), FIG. 12 (SEQ ID NO;

12), FIG. 14 (SEQ ID NO;

14), FIG. 16 (SEQ ID NO;

16), FIG. 18 (SEQ ID NO;

18), FIG. 20 (SEQ ID NO;

20), FIG. 22 (SEQ ID NO;

22), FIG. 24 (SEQ ID NO;

24), FIG. 26 (SEQ ID NO;

26), FIG. 28 (SEQ ID NO;

28), FIG. 30 (SEQ ID NO;

30), FIG. 32 (SEQ ID NO;

32), FIG. 34 (SEQ ID NO;

34), FIG. 36 (SEQ ID NO;

36), FIG. 38 (SEQ ID NO;

38), FIG. 40 (SEQ ID NO;

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100), FIG. 102 (SEQ ID NO;

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126), FIG. 128 (SEQ ID NO;

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562), FIG. 564 (SEQ ID NO;

564), FIG. 566 (SEQ ID NO;

566), FIG. 568 (SEQ ID NO;

568), FIG. 570 (SEQ ID NO;

570), FIG. 572 (SEQ ID NO;

572), FIG. 574 (SEQ ID NO;

574), FIG. 576 (SEQ ID NO;

576), FIG. 578 (SEQ ID NO;

578), FIG. 580 (SEQ ID NO;

580), FIG. 582 (SEQ ID NO;

582), FIG. 584 (SEQ ID NO;

584), FIG. 586 (SEQ ID NO;

586), FIG. 588 (SEQ ID NO;

588), FIG. 590 (SEQ ID NO;

590), FIG. 592 (SEQ ID NO;

592), FIG. 594 (SEQ ID NO;

594), FIG. 596 (SEQ ID NO;

596), FIG. 598 (SEQ ID NO;

598), FIG. 600 (SEQ ID NO;

600), FIG. 602 (SEQ ID NO;

602), FIG. 604 (SEQ ID NO;

604), FIG. 606 (SEQ ID NO;

606), FIG. 608 (SEQ ID NO;

608), or FIG. 610 (SEQ ID NO;

610), lacking its associated signal peptide.

19. An isolated polypeptide having at least 80% amino acid sequence identity to:

(a) an amino acid sequence of the polypeptide shown in FIG. 2 (SEQ ID NO;

2), FIG. 4 (SEQ ID NO;

4), FIG. 6 (SEQ ID NO;

6), FIG. 8 (SEQ ID NO;

8), FIG. 10 (SEQ ID NO;

10), FIG. 12 (SEQ ID NO;

12), FIG. 14 (SEQ ID NO;

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604), FIG. 606 (SEQ ID NO;

606), FIG. 608 (SEQ ID NO;

608), or FIG. 610 (SEQ ID NO;

610), lacking its associated signal peptide;

(b) an amino acid sequence of an extracellular domain of the polypeptide shown in FIG. 2 (SEQ ID NO;

2), FIG. 4 (SEQ ID NO;

4), FIG. 6 (SEQ ID NO;

6), FIG. 8 (SEQ ID NO;

8), FIG. 10 (SEQ ID NO;

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606), FIG. 608 (SEQ ID NO;

608), or FIG. 610 (SEQ ID NO;

610), with its associated signal peptide;

or

(c) an amino acid sequence of an extracellular domain of the polypeptide shown in FIG. 2 (SEQ ID NO;

2), FIG. 4 (SEQ ID NO;

4), FIG. 6 (SEQ ID NO;

6), FIG. 8 (SEQ ID NO;

8), FIG. 10 (SEQ ID NO;

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16), FIG. 18 (SEQ ID NO;

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602), FIG. 604 (SEQ ID NO;

604), FIG. 606 (SEQ ID NO;

606), FIG. 608 (SEQ ID NO;

608), or FIG. 610 (SEQ ID NO;

610), lacking its associated signal peptide.

20. A method for stimulating the release of TNF-α

from human blood, said method comprising contacting said blood with a PRO1079, PRO827, PRO791, PRO1131, PRO1316, PRO1183, PRO1343, PRO1760, PRO1567 or PRO4333 polypeptide, wherein the release of TNF-α

from said blood is stimulated.

21. A method for stimulating the proliferation or differentiation of chondrocyte cells, said method comprising contacting said cells with a PRO6029 polypeptide, wherein the proliferation or differentiation of said cells is stimulated.

22. A method for detecting the presence of tumor in an mammal, said method comprising comparing the level of expression of any PRO polypeptide shown in Table 8 in (a) a test sample of cells taken from said mammal and (b) a control sample of normal cells of the same cell type, wherein a higher level of expression of said PRO polypeptide in the test sample as compared to the control sample is indicative of the presence of tumor in said mammal.

23. The method of claim 22, wherein said tumor is adrenal tumor, lung tumor, colon tumor, breast tumor, prostate tumor, rectal tumor, cervical tumor or liver tumor.

24. An oligonucleotide probe derived from any of the nucleotide sequences shown in the accompanying figures.